1С популярна, потому что её усиленно рекламируют (ну и рынок они заняли давно). Их продукты, конечно, могут решать широкий спектр задач, но далеко не в самом удобном виде.
Когда я защищал диплом, написал довольно простую программу для конкретной организации, где-то в 20 раз ускорявшую выполнение основных операций, которое до этого производилось в 1С.
Основная проблема в том, что каждая компания работает по-разному, и в идеале нужно разрабатывать отдельную программу под каждого клиента.